一是培養土不合理

羊肚菌發生地的土壤類型有沙質潮土 、壤質潮土 、黏質潮土 、沙質壤土 、褐壤等含腐殖質較多的土壤。種植羊肚菌菌應該制作添加生石灰的偏堿性的營養土 ,營養土的制作過程:木屑(腐熟的牛糞或廢菌棒料渣發酵)、麩皮、生石灰、石膏、玉米芯等,這些特質與表層土 一起配合為疏松的營養土,并在營養土中加入蠅蛆速殺等殺蟲藥物(防治白蟻)、螻蛄、蠐螬、金針蟲、地老虎、蝸牛); 合格的營養土的標準是在澆水后,用手輕握呈團狀,用手掌輕拍呈顆粒狀,把合格營養土堆積呈15厘米高,寬80厘米的畦埂,畦埂與畦埂與畦埂相隔20厘米,這樣有利于澆水和排水,也有利采摘羊肚菌.

二是通風管理不合理

羊肚菌屬好氧型真菌,子實體發育階段需要通氣良好.當二氧化碳濃度高時,子實體會出現瘦小,畸形甚至死亡.足夠的氧氣對羊肚菌的正常生長發育必不可少,因此保持棚內良好的通風條件和土壤通透性至關重要.但要注意通風和溫度的協調關系,即要通風, 又要保溫,菇蕾幼小時,通風量過大會造成頂尖干死.

三是子實體生長期間沒有補充合理的營養

在子實體生長時使用含多種微生物活性酶 、維生素A 、B 、D氨基酸 、核酸 、活性果糖 、葡萄糖等營養物質的營養袋,首先建立有益菌群,促進菌絲健壯,讓菌絲體土壤里面的營養轉化能力增強,促進羊肚菌生長速度加快,營養袋里面的營養成分被羊肚菌的子實體全面充分吸收,讓羊肚菌的菇蕾更多,大小均勻,干物質含量提高,更有韌性,味道更加鮮美.

四是溫度和光線管理要加強

溫度方面不太好控制,溫室 、大棚調節控制溫度稍好一些,露天種植羊肚菌對溫度調節控制基本為零.光線可以通過遮陰網來調節控制,子實體形成和生長發育需要一定的散射光,七分陰三分陽的光照條件適宜羊肚菌生長.

五是大棚內的空氣濕度和土壤濕度不夠

這種情況尤其出現在露天種植和太陽能大棚種植羊肚菌的菌農那里,空氣濕度一直達不到70-85%的時侯,菇蕾特別容易死亡(尤其在溫度持續升高的時候),這時侯應考慮噴淋設備或者是霧化裝置進行增濕.土壤方面要隨時注意, 一旦濕度降低要隨時滴灌或者澆水.
另外,羊肚菌栽培田地不宜連作,如果一塊地連續種植,土壤有效成分消耗大,殘留物積累多,病蟲害會加劇,必將導致羊肚菌出菇較小、較少,甚至不出菇.因此,為避免連作障礙,提倡菌、蔬或菌、糧輪作,可殺死大量有害微生物,同時改變土壤結構和PH值.